Если сотрудник заболел во время отпуска, за те дни отдыха, на которые пришлась болезнь, ему нужно выплатить больничные. При этом отпуск сотрудника нужно продлить на период, в течение которого дни болезни пересеклись с днями отдыха.

      Отгулять остаток отпуска сотрудник может либо сразу, либо потом — в удобное для него время. При этом работник должен письменно сообщить о том, какой из этих вариантов он хочет использовать.

      Бухгалтерии будет удобнее, если сотрудник напишет заявление не позднее дня, в который он по графику должен выйти из отпуска. Но, конечно, это возможно не всегда. Например, из-за все еще продолжающейся болезни. В подобных случаях остается только сообщить о принятом решении по телефону. В такой ситуации начиная со дня, когда сотрудник должен был выйти из отпуска, в табеле учета рабочего времени проставьте напротив его фамилии отметки о неявке на работу по невыясненным причинам (код НН). А когда работник принесет больничный лист, исправьте отметки в табеле, указав напротив дней болезни код Б, а напротив дней отпуска коды ОТ или ОД.                   

                                                                                              Источник "Главбух"