Предшественником этой службы был знаменитый отдел по борьбе с хищениями социалистической собственности и спекуляцией (ОБХСС), созданный 16 марта 1937 года в составе Главного управления милиции Народного комиссариата внутренних дел СССР. В принятом положении об ОБХСС, в частности, говорилось, что он создается для «обеспечения борьбы с хищениями социалистической собственности в организациях и учреждениях государственной торговли, а также для борьбы со спекуляцией».

В феврале 1992 года в составе МВД России было создано Главное управление по экономическим преступлениям (ГУЭП), которое спустя пять лет было переименовано в ГУБЭП. В июне 2001 года оно вошло в состав Службы криминальной милиции МВД России, а через два года в структуре министерства начала действовать Федеральная служба по экономическим и налоговым преступлениям. В результате административной реформы она стала Департаментом экономической безопасности.

По данным МВД, в 2006 году в России было зафиксировано почти 490 тыс. экономических преступлений - на 12% больше показателя предыдущего года. Более трети из них относятся к категории тяжких и особо тяжких.